Universitas Atma Jaya Yogyakarta didirikan pada tanggal 27 September 1965 oleh kaum awam katolik yang kemudian dikelola oleh yayasan Slamet Rijadi, di bawah lindungan Santo Albertus Magnus. Pada awalnya UAJY merupakan cabag dari Universitas Atma Jaya Jakarta, sebelum kemudian memisahkan diri dan menjadi independen sejak 31 Agustus 1973.

Nama Atma Jaya sendiri berasal dari bahasa sansekerta, yang terdiri dari Atma yang berarti Jiwa dan Jaya yang memiliki arti Unggul, sehingga Atma Jaya bermakna Jiwa yang Unggul. Hal tersebut sesuai dengan cita-cita pendirian UAJY yakni menjadi perguruan tinggi yang unggul dalam bidang akademik dan pendidikan nilai-nilai moral yang tinggi.

Saat ini UAJY memiliki 6 fakultas dengan 12 program studi S-1 dan 5 program S-2, termasuk 5 program studi S-1 kelas internasional dengan jumlah mahasiswa ± 11.585 orang; serta didukung 8 Guru Besar, 82 Doktor, 226 Master sebagai pengajar tetap. Di samping itu UAJY juga didukung oleh dosen luar biasa dari para ahli maupun praktisi menurut bidangnya, dari dalam maupun luar negeri. Semua program studi S-1 dan S-2 telah terakreditasi BAN-PT (Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi).